Paraguay có hệ thống bệnh viện nhưng phần lớn đều tập trung ở các thành phố lớn, còn ở các thành phố nhỏ hoặc vùng nông thôn chủ yếu là các phòng khám đa khoa hoặc trạm y tế. Bệnh về răng lợi khá phổ biến, nhất là ở vùng nông thôn. Tuy nhiên, mối nguy hiểm thật sự của người dân Paraguay là bệnh rệp vinchuga, người bị cắn sau vài năm sẽ chết.

Chi phí y tế công chiếm 2,6% GDP và chi phí y tế công chiếm 5,1%. Tỷ lệ tử vong là 20 trên 1000 dân vào năm 2005. Số bà mẹ tử vong khi sinh là 150 trên 100.000 người. Ngân hàng Thế giới đã giúp đỡ chính phủ Paraguay giảm bớt tỉ lệ tử vong của bà mẹ và trẻ sơ sinh. Chương trình Bảo vệ Sức khỏe Cơ bản Bà mẹ và Trẻ em nhằm mục đích góp phần giảm tử vong và tăng việc sử dụng dịch vụ cứu đắm.